Con el derrocamiento, en febrero de 1989, de la dictadura militar encabezada por el general Alfredo Stroessner, luego de 35 años de sometimiento y violación de los derechos humanos en nuestro país, hubo un gran dinamismo en todos los sectores económicos, sociales, políticos y culturales del Paraguay. La eliminación de las leyes represivas, la instauración de las libertades públicas, la vigencia de la libre organización, la libertad de prensa y de expresión etc., crearon un ambiente propicio para el desarrollo de proyectos y emprendimientos en todas las áreas. Las cooperativas no fueron la excepción. Datos estadísticos indican que al final de esa etapa había alrededor de 120.000 personas asociadas a las empresas cooperativas. Veinticinco años después, esa cantidad se eleva a un millón cuatrocientos mil asociados, aproximadamente.
El nuevo escenario en que se insertó el sector cooperativo abrió un abanico de desafíos. Por un lado, La construcción de una nueva institucionalidad sobre la base del fortalecimiento de la integración entre cooperativas. La prioridad de la dirigencia se orientó a la creación de instituciones cooperativas de defensa gremial y que ofrecieran, también servicios de formación, capacitación, asistencia técnica y canalización de recursos financieros, a las cooperativas de base. El propósito era contar con la legitimidad suficiente y constituirse en un gremio con capacidad de interlocución ante los poderes públicos y las demás organizaciones del sector privado. La realidad política del momento exigía a los diversos estamentos sociales y económicos participar activamente en el debate sobre el nuevo modelo de desarrollo a ser encarado en la etapa de transición. Con ese espíritu se funda la Conpacoop el 15 de octubre de 1991.
Por el otro, la definición de un marco jurídico adaptado al nuevo tiempo político, en reemplazo de la Ley 349/72, vigente hasta ese momento.
Otro hecho relevante de esa etapa refiere a la convocatoria de la Asamblea Nacional Constituyente en 1992 que se encargó de redactar la actual Constitución Nacional paraguaya, la que es promulgada en el mes de junio de ese año. Cabe destacar la participación de representantes del movimiento cooperativo paraguayo, quienes tuvieron a su cargo la elaboración y argumentación a favor del modelo económico y social cooperativo y la incorporación del Art 113º, Del Fomento de las Cooperativas.